Het maken of onderhouden van een uitgebreid omgevingscontroleprogramma wordt steeds belangrijker in de voedingsindustrie. Programma's die effectief de gebieden met een microbiologisch risico in de productieomgeving bewaken en beheren kunnen dienen als "vroegtijdige waarschuwingssystemen" om bronnen van mogelijke verontreiniging te identificeren en te elimineren. Een goed omgevingscontroleprogramma bevat testen waarmee de schoonmaakprocedure en indicatorenorganismen en specifiek verontrustende organismen in de gaten worden gehouden.